随着生物技术的快速发展，转基因苜蓿作为重要的饲料作物和生物质能源原料，已在全球范围内广泛种植和应用。然而，转基因作物及其衍生产品的生物安全性、环境风险以及国际贸易法规合规性问题备受关注。为确保食品安全、维护生态平衡并满足各国进口要求，对转基因苜蓿及其产品（如饲料、种子、加工品等）进行精准检测成为关键环节。检测工作不仅涉及基因序列的识别，还需覆盖从原料到终产品的全链条质量控制，这对检测技术、标准体系和实验室能力提出了更高要求。
转基因苜蓿检测的核心项目包括：1）外源基因序列鉴定，检测转入的特定基因（如抗除草剂基因CP4-EPSPS或抗虫基因）；2）蛋白质表达分析，验证目标蛋白（如PAT蛋白）的表达水平；3）核酸残留检测，针对加工产品中是否含有转基因成分；4）非预期效应评估，分析转基因操作是否引起非目标代谢物变化；5）过敏原与毒性测试，确保产品无新过敏原或毒素产生。此外，部分国家还要求进行品系特异性检测，以区分不同转基因事件（如J101、J163品系）。
主流检测技术可分为三类：1）PCR检测法，包括定性PCR、实时荧光定量PCR（qPCR）和数字PCR（dPCR），用于特异性扩增外源基因片段；2）免疫学方法，如酶联免疫吸附试验（ELISA）和侧流层析试纸条，通过抗体抗原反应检测目标蛋白；3）高通量测序技术，基于全基因组测序（WGS）或靶向测序全面分析转基因序列结构。对于深度加工产品，需结合DNA提取优化技术和质谱分析以提高检测灵敏度。近年来，CRISPR-Cas系统开发的快速检测工具（如SHERLOCK）因其高特异性被逐步应用于现场筛查。
国际标准化组织（ISO）发布的ISO 21569/21570/21571系列标准规定了转基因检测的核酸提取、PCR验证和定量方法。我国实施的GB/T 19495-2004《转基因植物及其产品检测》和NY/T 672-2020《转基因植物及其产品成分检测标准制定指南》明确了技术规范。欧盟依据EC/1829/2003法规要求所有转基因成分超过0.9%的产品必须标识。美国农业部（USDA）则通过7 CFR Part 340对转基因苜蓿的田间试验和商业化种植设定检测阈值。实验室需通过ISO/IEC 17025认证，并定期参与国际能力验证计划（如GIPSA环测）以保证检测准确性。
